中平六年三月，天子就下了命令，刘焉为益州牧，黄琬为豫州牧。
其实在这之前，也并非没有州牧。
比如皇甫嵩曾经短暂做过冀州牧，但他这样的州牧，其实就是临时性质，很快就会被撤销掉。
而现在则是直接把益州与豫州的刺史提升到了州牧这个级别，并且成为固定官职。
州牧是两千石，与太守的级别相当。
可与刺史不同的是，刺史对太守只有监督权，而没有处置权。
州牧不仅对太守有处置的权力，还有任命官员的权力。
如此一来，军政一把抓，地位堪比一方王侯。
凉州二月末。
这个时候皇甫嵩与董卓已经赶到了长安，董卓向皇甫嵩建议急速进军，皇甫嵩认为：“冀县县城防备坚固，凉州叛军必然无法攻克，我军只要按兵不动，以逸待劳即可取得全胜。”
于是不听从董卓的建议。
朝廷征董卓为少府，董卓不肯受命，上书推辞：“我下属的湟中义从、匈奴士兵都来拦住我的车，苦求我不要抛弃他们，我制止不了他们，只能留下来宽慰他们，如果有情况有变我再向朝廷汇报。”
朝廷也无可奈何，十分担忧。
中平六年春三月，韩遂二十余万大军攻破了冀县，盖勋与傅燮原本想与城池共存亡，殉国尽节。
士孙瑞等人与残存的士兵带着他们强行突出重围逃跑，都尉马腾与部下庞德等人率部投降了韩遂，加入到了叛军之中。
皇甫嵩认为凉州叛军已经围攻了冀县两个多月，虽然攻克了冀县，却已经非常疲惫，战斗力不是很好，于是下令攻击，以北军数万人马攻打韩遂二十余万大军。
董卓劝阻，认为“敌人人多势众，我方只有数万人，不易进攻，应该在三辅之地防守为主。”
皇甫嵩则认为：“叛军虽人多，但人困马乏，正是进攻的时机，不能让他们休整，调整好状态。”
随后，皇甫嵩让董卓负责殿后，自己率军追击，连战连胜，斩首万余级，叛军首领王国逃走后不久病死。
董卓因此非常忌恨皇甫嵩。
三月中旬，灵帝下诏拜董卓为并州牧，其下属军队转交给皇甫嵩。
董卓接受任命，但是不肯交出军队，上书辩解道：“我掌兵十年，士兵上下和我关系太好了，都要为我卖命，我乞求带这帮士兵去并州，效力边垂”。
皇甫郦劝说从父皇甫嵩趁机除掉董