使其精力未必够用，也不符合皇权的制衡之道，但神策军是天子亲军，指挥使人选十分关键，在挑选出一个绝对可信任的心腹前也只能先用赵信兼任了。
或许秦拱明是一个不错的人选，但眼下他在山东德州驻守，清军又对山东虎视眈眈，朱慈烺总不能直接把他调回来。
朱慈烺为了培养神策军士兵的荣誉感，还建立了军衔制度，是结合明代的武散阶和武勋品阶定的。
军官的最高衔级为天下兵马大元帅，简称大元帅，只授天子一人。
大元帅下为元帅，正一品。
元帅下为骠骑将军，从一品。
骠骑将军下为奉国将军，正二品。
奉国将军下为辅国将军，从二品。
辅国将军下为定国将军，正三品。
定国将军下为镇国将军，从三品。
镇国将军下为昭武将军，正四品。
昭武将军下为轻车都尉，从四品。
轻车都尉下为上骑都尉，正五品。
上骑都尉下为骁骑尉，从五品。
骁骑尉下为飞骑尉，正六品。
飞骑尉下为云骑尉，从六品。
云骑尉下为武骑尉，正七品。
武骑尉下为承信校尉，从七品。
军衔制度先在神策军中推行，待将来时机成熟，再在全军推行。
眼下最关键的是要让神策军提升战斗力，而这是要靠大量训练实现的。
朱慈烺决定基本按照戚继光的训练方法进行。
戚继光的阵法最犀利的当属鸳鸯阵。
鸳鸯阵强调多兵种、冷热兵器协同配合。
这样在与敌军交战的时候，本方军队就可以利用兵器互补占据优势。
为了适应将来与东虏的对决，朱慈烺对其进行了一定修改。首先神策军四营被他分为两个步兵营、一个骑兵营以及一个炮兵营。
玄武、神武营为步兵营。骁果为炮兵营，天骑为骑兵营。
就骑兵营来说，最基本的作战单位是小队而不是伍。一小队为十二人。设队长一人，配旗枪一杆，腰刀一把，双插一副，掌旗；设鸟铳手两人，由伍长担任，各配备鸟铳一杆、马刀一把；设长枪手四名，各配备长枪一杆；设镗钯手两名，各配备镗钯一杆、火箭三十支；火兵一名，配备木棍、解首刀，除了负责炊事外战时也兼顾收割首级。
步兵营分杀手队和铳手队。不论是杀手队还是铳手队，