常虑窃发，于是内外戒严。
谢琰率重兵讨伐孙灵秀，江东八府起义军汇聚于会稽，「其妇女有婴累不能去者，囊簏盛婴儿投于水，而告之曰‘贺汝先登仙堂，我寻后就汝。"」
隆安三年十二月，谢琰率军攻下义兴，击杀起义军头领许允之。接着进兵吴兴；屯兵乌程。分兵配合刘牢之，向钱塘府推进。孙灵秀乃率男女二十余万口向东撤退，后又退入海岛。
隆安四、五年间，义军与官军继续激战，并一度逼近京师，攻破广陵府。不过最终孙灵秀还是进攻临海失败，乃赴海自沉，五斗米道信徒认为他已兵解成为水官之仙，投水从死者百有余人。
道门不同于佛门，从来都是敢于造反的，后来走上层路线还是因为李家掌权，有感于道门的强大和不可控，这才釜底抽薪，明面上尊道门为三教之首，权贵争相信奉道门，实则是把道门架空了，反而让佛门占据了道门原本在底层百姓中的生态位置。
只是佛门胆小如鼠，从不敢起事造反，又压榨百姓，一味享受，不得人心，反而被屡次灭佛。
说到底，还是自己人最会整治自己人，李家人夺取天下，虽然让道门明面上走向
了巅峰，但在此后的几百年里，失去底层根基的道门也堕落不堪，实际上沦为三教之末。直到玄圣中兴道门。
孙灵秀的五斗米道徒信奉长生久视之道，信仰天、地、水三官，尤其相信水官。其实便有了今日的道门雏形。
这次起义也引起了道门上层人物冠祖师、陆祖师对道门的改革，由此导致出现了南北天师道，最终南天师道归于正一道，北天师道归于太平道。
以李家为首的太平道也将此事视作自家继黄巾大起义之后的又一起义壮举。
总之，道门对这次起义的评价相当正面，以赞扬为主，所以孙灵秀被尊称为孙真
人，名声比大晋国师林灵素还要好上许多。
不过此人缺少远见，才能不足，导致了起义失败，最终也只是一个真人而已。
老庞道「孙真人赴海自沉之后，并没有死，而是带着那些投水的长生人去了大海深处。当时朝廷搜山检海也要找到孙真人，高手尽出，所以孙真人没有在南洋停留，从南洋经爪哇国去了罗娑洲，可朝廷之人还是步步紧逼，于是孙真人带领长生人又离开罗娑洲，继续往南，最终来到了南大陆与罗娑洲之间的这片海域。这里大海茫茫，除了些许岛屿之外，几乎没有陆地，朝廷的人遍寻无果，这才不得不返回中原。」