医、汉医及古印度医学理论的精华，逐步形成具有鲜明民族特色、地域特点和独特理论体系、临床特点的民族传统医学。
蒙医有一千多年的历史，结合蒙古人生活在高寒地区，多户外活动，多肉食的特点，发展了自己独特的优势。基本也是用草药、针灸、推拿等方法治病，其间也受中国中医的影响很大，以前也掺杂着萨满教的迷信，如跳大神之类，但现在已经进行研究，去其糟粕，如同中医学一样，成为国内承认的一种医学方法。
蒙医学认为要说明药物对人体起作用的复杂关系时,首先要研究整个宇宙与地球上包括人类在内的动植物之间的对立统一、相互依赖并存的辩证关系。
世上万物要保持生态平衡，正常并存的主要因素是它们之间都存在着一定程度的相互滋补、对立、抑制、增减、渗透和被渗透等相克关系。
医生的整个防病治病的过程是利用药物与人体之间的对立统一的矛盾解决机体发生病变之后,又得到恢复正常或长寿的目的。
蒙医学的理论体系是以整体观念为指导的朴素的唯物论和自发的辨证法为主导。在蒙医学理论中阴阳，五元、三根、七素、三秽是生理、病理、诊断治疗原则的辨证理论基础。
蒙医学自古以来以阴阳变化的相互关系来说明人体的组织结构、生理功能、病理变化疾病的诊断和治疗以及确定治疗原则。
五元学说成为蒙医学理论体系的纲要，分别归属于土、水、火、气、空。蒙医学认为人体是一个统一的有机整体，其各个部分之间都有密切联系，这种相互联系和构成，均和五大元素密切相关。
三根是人体赖以进行生命活动的三种能量和基本物质——赫依、希拉、巴达干的简称。
三根的功能不仅表现在正常的生理活动中，同样也表现在异常的病理变化中。
七素为构成人体的基础物质——饮*华、血、肉、脂肪、骨、骨髓及*。
七素在有机整体的内部运动中属阴性范畴，有显示人体第二特性的作用。
七素内部也存在着引起矛盾运动的因素。
所谓的三秽，指人体吸收食物的养分后，污物、残渣以大便的形式排出体外；存在于人体内的糟粕以尿的形式排出；汗液能使皮肤润洁，起固表的作用。
病理学是以阴阳学说为主导，以人体基本组成部分之五元、三根七素的相对抗关系为基础，研究发病原因、因素、病变过程，同时分析研究病因、发病部位及疾病本质的学科。