则上由各军主将自行编定后上报核准。除非十分不合理，节度使府一般不做干涉。鉴于清海军的特殊历史，李师古给了新任镇扼使李茂一个特权：营一级的编制和主将任免名单也由李茂拟定，报军府批准。
李茂拟将清海军分为四营一队，任李昹为左营主将，陈万春为右营主将，夏纯为城防营主将，李英昙兼领虞侯军（队），由他自己亲自兼任中军营主将，李师古回复同意。至于各营内部怎么配置则是李茂的权力范围。
四营中，中军营保留十个队的编制，每队五十人；左、右两营每营保留两个队的编制，每队五十人；城防营下辖二十队，每队十人；虞侯军下辖十队，每队十二人。
孤山镇缺马，于化隆时代建有一都马军，后因马匹不足砍为一队，李茂将这一队马军砍掉，马匹统统调配给捉生军。捉生军和虞侯军一样，说是军，实际只有一个队的规模，本来每营都设有捉生军，但因左右两营编制被极大压缩，现在只有中军营设有捉生军。
朱振远临走时送给李茂两份大礼，一是把累年积攒下来的价值不菲的三十八套鲨鱼皮盔甲留给了李茂，一是把捉生军骨干统统留给了李茂。他的理由是捉生军到郓州后将失去用武之地，这些百战余生的军中精锐从此将告别战场，在大后方的酒肆、妓馆里混吃等死，这对他们来说无疑是件极其残忍的事。
李茂以捉生将黄仁凡和三十名骨干为基础将捉生军的规模扩充了两倍，那三十八套珍贵的鲨鱼皮盔甲李茂只留了十二套给亲兵，其余的尽数调拨给捉生军使用。
随着“骷髅面”的覆灭，清海军最后一支水军也成了历史，孤山镇东临草湖，在丰水季草湖阔达数百平方公里，即使枯水期属于草湖的湖面也有十几个平方公里，此外以草湖为中心，连接着十几条河流，这些河流大多数都可以常年通航，以这些河流组成的水道四通八达，覆盖着曹、兖、濮、郓四州之地，这么广大的区域没有水军掌控，李茂以为十分不妥，重建清海军水军刻不容缓。
海盗窝里建水军，最不缺的就是人才，只是未得郓州批准，李茂一开始没敢把摊子铺的太大，水军暂时挂靠在中军营下，编制只有一个队，“骷髅面”拥有战舰四艘，只用于维护城东水道秩序，李茂拨款新造十艘兵舰，除了维护城东水面秩序，更要打击威胁水道安全的水盗劫匪，并协助马步军控制整个草湖周边地区。
经历了兵变的残酷，李茂有足够的动力去组建一支完全听命于自己的亲兵队，兵员主要是原城防营的虞侯队和四面街侦缉