家等几大世家相继响应之后，再加上诸葛瑾手下一众将士也相继出面支持，将诸葛瑾早先赏赐下的土地上交国家，之后诸葛瑾更是采用分化拉拢的方法，一年多的时间里，将治下的世家豪族八层以上的人做通了工作，公元201年之后，土改之策才在诸葛瑾领地内施行了下去。
土改之后，诸葛瑾却是开始在各地试行新的官制之法，这一次，诸葛瑾没有直接的颁布法令，反而是由下而上的开始试行新的官制是否可行，先是由县开始，每一县下辖若干村，村中官员统称为村长，是为九品，其身边做事人员若干，村之上设镇，称之为里正，是为八品，镇之上设县，称之为县令，是为七品，再之上为郡，称之为郡守，是为六品，再上为州，称之为知州，是为正三品。而这些，却仅仅只是掌管地方政务，不涉军事。
众多官职中，以中央为首脑，其下设吏、户、礼、兵、刑、工六部，每部之下又辖四司，共为二十四司。其中，吏部主要负责官吏的铨选、考课、封爵和勋赏；户部主要负责户籍、土地、赋役、仓储和市易；礼部主要负责科举考试和礼仪、祭祀；兵部主要负责军队的管理和训练；刑部主要负责刑狱和财政审计：工部主要负责国家土木工程和屯田、水利等。六部的官职为：各部称为尚书，副长官为各部侍郎，而诸司的长官为各司郎中，副手为各司员外郎。
由下而上，却是需要一个过程，自诸葛瑾施行之日起，花费了三年多的时间，才将整个的框架给搭建了起来，而此时，汉献帝刘协对天下的影响已经降低到了最低处，无论是士族文人，还是平民百姓，只知曹、孙、诸葛，却不再提及大汉王朝。
公元205年，诸葛瑾于治下大封群臣。诸葛瑾却因拒绝接受刘协封王，其职位未动，封其帐下戏忠为吏部尚书，张昭、陈群、钟繇为吏部侍郎；封田丰为户部尚书，管宁、邴原、张纮为户部侍郎；封蔡邕为礼部尚书，陈珪、何夔、顾雍为礼部侍郎；封沮授为刑部尚书，糜竺、鲁肃、赵风为刑部侍郎；封刘哗为工部尚书，郑浑、马钧、枣祗、任峻为工部侍郎。而这其中最为重要的兵部，却暂时为诸葛瑾所掌握，其余人等，尽皆有着封赏。
另外，诸葛瑾参照后世抗战期间的一些情况，设置了作战参谋部，调贾诩、荀攸、程昱、李儒、陈宫五人进入，以五人为主体，其下陈登、吕范、吕岱、杜畿、薛综、梁习等相继被调入，至于武将，诸葛瑾却是暂且按照原来的职位暂且没动，等到情况明朗之后，再作打算。
诸葛瑾忙碌不停，其他人也没有就此