郭康认为，对于教会来说，就有个关键问题：教会内的各种教义、规则，到底是目标，还是手段。
曾经，公教教会面对这个问题，思路是十分清晰的，知道这些具体措施都是为了更高的目的。然而到了后来，他们却好像集体出了问题一样。
如果只是党争，反而好解释，但教会几百年间在东亚的表现，都一直处于智力没上线的状态。
如果说教士们是因为对不同文明的傲慢，那就没法解释在其他地方的表现了。当年在南美洲，教会反而不是这样。
西班牙的教士常年致力于反对迫害美洲土著，要求禁止屠杀、虐待的行为，甚至反对强迫土著人改宗。在道明会修士们的推动下，1537年，教宗颁布通谕，正式确认印第安是“理性人”，宣布他们有自由和财产权，也有皈依教会的权力，应当以和平的方式向他们进行宣讲。
在此基础上，教士们继续在世俗政权中活动，试图阻止殖民者对于当地人的剥削和奴役。在他们的推动下，1550年，查理五世下令停止西班牙人在美洲的进一步军事扩张，同时组织教士和学者进行辩论，探讨征服的合法性。辩论在巴利亚多利德大学举行，因此也被以这个名称命名。
巴利亚多利德辩论是欧洲历史上，第一次关于土著人权利和待遇的讨论，也是少有的国家层面的理论探讨。
一些教士认为，尽管印第安人存在一些野蛮习俗，但那是因为他们社会所处的文明阶段不同，这些人依旧是自然秩序中的自由人，法律地位不应比欧洲殖民者低下，没有理由受到他们的征服和严酷管制。这些理论受到君主主义者的支持，获得了很多拥护者。
但当时，一批新兴的人文主义者则对此持反对意见。他们认为印第安人有大量反自然的罪行，是不可接受的，应该通过包括战争在内，任何可能的手段加以制止。同时，这些人的行径也证明他们无法管理自己，所以需要殖民者来进行统治。这一派的观点则得到了殖民者的支持，与前者针锋相对。
双方最后谁也没说服谁，但教会的倾向十分明显，并且对社会造成了影响。1556年开始，国王就下达敕令，严格控制关于美洲的作品出版，禁止国内讨论征服的正义性问题。一些教士的笔记被专门下令封存，也禁止他们编纂新的书籍，造成社会上的思想动荡。
此外，国王甚至想了个办法，颁布了新法令，宣布今后不准再用“征服”这个词了，双方都得拿“和解”代替。只是这种改敏感词的行为，还是没能控