独孤整死了，被三支毒箭射死在独孤府百丈之外，当消息传出，在李唐朝野引起了轩然大波。李渊下旨将京兆尹于氏家方于筠革职查办，由兵部尚书赵孝慈接任，又令刑部、御史台和大理寺会审独孤整被刺杀的原因，此案由刑部牵头，三司各抽精干之士联合调查，限定十天查清凶手。
李渊又令太子李建成前去慰问独孤氏，以示自己对舅父的诚挚哀悼，追赠他为郑国公、加封上柱国，准许独孤氏以国公之礼厚葬独孤整。在收棺大殓之日，李渊卸下龙袍，以外甥这个私人身份下跪拜祭，可谓是关怀备至，赢得李唐朝野上下一片赞誉，皆赞李渊皇恩浩荡、仁义至孝。
五天后，刑部拿出了比较详实的调查方案，并指出独孤整极有可能是被李密谋杀，理由有三：一是射中独孤整之冷箭是榆木制成，这是李密内军的专门箭杆；第二个理由是在案发前一天，有三名南方口音的男子在凌云酒坊要了一间客房，并询问独孤府所在，然后有人看到他们在独孤府附近徘徊了很久，案发之后，他们再也没有回到凌云酒坊，他们离开得比较匆忙，连行李都没有回来取，他们的衣服料子产自江南。
第三个理由更为合理，说是房玄龄的到访，让李密担心隋唐休战，致使隋军全力攻魏，所以为了破坏隋唐缔结合约，李密企图嫁祸隋朝。
当然了，这三个理由都比较牵强，缺乏直接有力的证据来证实，所以无法出具正式证明，但无论如何，调查都将矛头指向了李密。各种说法也因此在襄阳传播，但官方始终没有一个正式的说法，而在有心人的引导下，各种传言越来越变得荒谬。
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尽管襄阳城内众说纷纭，但是对于李渊而言，他已经顾及不到城中的混乱了，只因房玄龄离开不久，周边的隋军便压向了唐境。这一次，除了南阳、淅阳方向没有异动之外，汉川、顺政、汉阳、临洮等地隋军时不时的在大唐边城耀武扬威，虽然没有正式开打，但动不动就一箭飞上城头，挑衅意味十足，使求援之信如雪花一般送到了襄阳。
这其实也是杨侗所执行的战略欺骗，目的是让李密以为隋朝秉承先唐后魏的战术，同时也是为了进一步逼迫李渊，以让李唐更快的陷入内乱之中，不让李渊有充足的时间对关陇贵族采取温水煮蛙的温和手段。
李渊的主力尽皆驻扎在荆襄一带，巴蜀虽不至于是兵力空虚，但除了各个边郡之兵，内部也只有郡兵而已，这些不经战事、久疏战阵的巴蜀军根本抵御不了身经百战的隋军，如果巴蜀丢失，李渊就只剩下荆襄