机甲和星舰向来是军方的杀手锏，在一定程度上决定了一个帝国的军事实力。然而现在，这两样威力巨大的武器却都被女皇控制了，并且用来毁灭人类本身。
军方想要摧毁女皇的源代码，但找了许多黑客都没能成功，他们连女皇设下的第一道防御都进不去。无奈之下，军方只能断开女皇的能源系统，希望造成它停摆。但奇怪的事情发生了，就算拆除了能源系统，女皇依旧在运转，而且越来越有攻击性。
与此同时，医学家们发现，那些登陆星网而陷入昏迷的人纷纷出现脑死亡的症状。他们大胆猜测，女皇的能量来源会不会就是这些人的精神力，俗称灵魂。
虽然猜测缺乏科学根据，但军方对此却非常重视，将那些幸存下来的病患集中转移到保护区。在确认了这些人的身份后，军方惊讶的发现，他们都是各个领域的佼佼者，精神力也都十分强悍，其中一人更是曾经入侵了国防系统的星际第一黑客周允晟。从十三岁开始，他一直是军方通缉的要犯，但抓捕了三年，愣是连他的影子都没摸到。
每个帝国的国防系统都是女皇亲自设计并建造的，如果周允晟连那些系统都能轻而易举的攻陷，应该也能捣毁女皇的终端。于是他们将周允晟放入1号修复舱，尽全力救治他。
得到他苏醒的消息，帝国元帅亲自来到医院探望。
说医院其实有点名不副实，不过是个废弃很久的地下防空洞而已。现在的人类为了躲开女皇的监视和攻击，很多都开始移居地下，军队的调动方式甚至倒退回远古时期的无线电报。
“……所以，现在的帝国乃至全人类，都需要您的帮助。”元帅把情况交代一遍后诚恳的说道。
周允晟没有及时作出回应。老实说，虚幻跟现实对他来说并没有什么不同。现在的科技非常发达，人类在星网中也能拥有嗅觉、触觉、听觉等五感，受伤了会疼痛，难过了会落泪。若不是爱人自作主张将他送回来，说不准他现在也已经彻底陷入虚幻而脑死亡了。
他沉思片刻，问道，“威尔逊博士制造女皇时曾经预言了现在的状况，他不可能一点安全措施都不做。与女皇并存的应该还有一套自毁程序，一旦检测到女皇出现异常，自毁程序就会启动。你们的电脑专家没有开启这套程序吗？”
元帅似乎很意外他竟一下就问到了点子上，连忙答道，“除了威尔逊博士，任何人都不知道星网还有这样一套自毁程序，要不是一个月前它忽然自己启动，我们还一直被蒙在鼓里。”